來自德國的一個研究組織對多個和玉米黑穗病有關的重要基因進行了研究，對玉米絲黑穗病和玉米普通黑穗病致病真菌的基因組進行了分析比對。研究結果發現，這兩種真菌分別入侵作物的不同組織，普通黑穗病僅感染作物的葉，穗和雄花，而絲黑穗致病菌可以感染植物的所有組織，卻只會在作物的花上出現癥狀。

    研究人員發現，這兩種真菌感染的宿主細胞的效應器蛋白中90%的基因編碼是相同的，僅在編碼序列上有區別而已。研究人員已經確定了這兩個基因組中43個序列不同的區域，發現這43個區域中包含所有普通黑穗病致病真菌的基因簇，此外，科學家還任意選擇了6個“差異區”，發現：其中4個和普通黑穗病致病菌的毒性有關，其中一個和蛋白質分泌無關。

    這些真菌的基因差異造成了它們通過不同的方式感染宿主，種間基因的差別也造成了它們不同的“生活方式”，這些不同也是由于宿主對這兩種真菌的“進攻基因”進化出了不同的防御方式，研究人員也指出，這些差別，也是這兩種真菌和宿主之間“軍備競賽”的產物，三者之間的一個出現任何的變化，都會使得另外兩方“進行反擊”之后再相互適應。