袋栽香菇易發生污染，與原材料、菌種、塑料袋的優劣、生產和管理粗放、長期應用純化學藥品消毒防效單一、雜菌產生了抗農藥性等方面有關。下列方法可有效解決污染問題。

    一、培養基的配制

    培養基拌料時應按防污劑的用量比保持同一用量或濃度，一次或分次溶于拌料的水中，充分溶解攪混均勻后施入拌均勻的干培養料中，用鐵锨反復使勁拍拌培養料，讓防污劑充分浸入培養料中，達到均勻后，即可裝袋。

    二、裝袋、滅菌

    裝料應選用0.04毫米以上韌性強、簿厚均勻、不易脆裂、無破漏的優質聚乙烯或聚丙烯塑料袋(筒)。制種時應把料裝得松緊適度，栽培時適當把料裝緊實，裝至袋口6-10厘米左右按平料面，用塑料扎繩扎緊袋口或按常規方法封口后即可滅菌。一般溫度達100℃維持4-8小時(小袋4-5小時，大袋6-8小時) 左右。如塑料袋較大裝料較多，可適當延長滅菌時間2-4小時。滅菌后取出培養料袋放入接種室降溫至25℃或冷卻后，用1.5%的防污劑對接種室均勻噴霧消毒(也可按常規方法消毒)，20分鐘后即可進行接種。

    三、接種、培養

    接種應選用抗逆性強、出菇和轉潮較快、生長周期較短、高產優質、無污染健壯菌種，以縮短生長期，減少病蟲危害。接種時，可采用一端或兩端接種等方式，把菌種挖取成塊狀，適當增加接種量，促進菌絲較快地生長，縮短發菌期，提高栽培產、質量。接種后移入培養室進行培養。培養應選用保溫、通風、降溫等條件較好的室內作培養室。使用前用防蟲、消毒劑進行處理后，將接種的培養料袋移入豎直或橫碼于室內的培養架上，溫度保持在20℃-25℃左右。培養10天左右應翻袋檢查成活及有無污染。如有未成活和污染的培養料袋應揀出培養室，并查找原因，采取補救措施(挖去未成活和污染菌種，消毒后補接種)。在培養期間應做好保溫保濕、降溫、翻袋換位、消毒和防蟲等工作。當菌絲滿袋后再培養一段時間，菌絲體稍收縮變緊實，即可作菌種，或進行出菇管理。