檸檬果實貯藏期間的真菌病害主要有：黑腐病，酸腐病，蒂腐病，青、綠霉病，炭疽病；生理性病害主要有：干疤和水腫。

　　⑴蒂腐病：分為褐蒂腐和黑蒂腐兩種，其癥狀相似，但褐蒂腐病斑與健康組織間無明顯界限，后期有發酵味。黑蒂腐病斑與健康組織間有明顯界限，后期有惡臭味。病菌從果蒂處侵入果實組織，初期病斑為水漬狀，病斑不斷擴大，逐漸變為褐色或黑色，腐爛穿過果實中心的速度比沿果皮發展快。在多雨潮濕的產區或年份發生尤為嚴重。

　　⑵黑腐病：最初癥狀是果蒂變黑，病菌沿果實中柱向下發展，凡菌絲所到之處，即變黑腐爛。在果實生長發育期間，黑腐病菌多存在于果蒂處，在果蒂組織被破壞之前，不能侵入檸檬組織內部。任何使果實衰弱的條件如不適的環境、采收過遲或長期貯藏都會增加果實對黑腐病的敏感性。

　　⑶綠霉病：是指青霉菌和綠霉菌所致的兩種貯藏病害。其發病過程和癥狀相似，初期果皮表面變軟，出現水漬狀斑，隨病斑的擴展病部長出白色菌絲，很快轉變為青色或綠色的霉層，從開始發病到全果腐爛只需1-2周。病菌通過分生孢子靠接觸或隨氣流傳播。從傷口、裂口侵入，故最根本的防止措施是減少機械損傷。世界上所有商品性的柑橘產區，青、綠霉病都是造成采后腐爛最普遍的原因。

　　⑷酸腐病：最初癥狀是微凸的水漬狀淺黃色至黃色斑點，病菌主要在果實內部生長，到后期，果實內部組織全部分解成酸味的水漬狀的膠粘物。在24-29℃下，從侵染到全果腐爛只需5天，相鄰的果實也會接觸感染，病菌從傷口入侵。

　　⑸炭疽病：發病開始于蒂端，最初的外部癥狀是灰色至褐色斑點，以后斑點迅速擴大，有時延及整個果實。在潮濕條件下，表面出現粉紅色孢子，以后孢子群變為褐色至黑色，直到后期病菌才侵入果肉深處。主要感染寬皮橘類，檸檬果實偶有發生，潮濕的地區和年份發病嚴重。病菌在果園的枯枝或弱枝上生長，并從那里傳播至果實，通過果皮破裂處或枯死的果蒂進入果實內。

　　以上病害的農藥防治方法：除作好采后處理，可用藥物防治。方法如下：

　　①噻苯咪唑(特克多、TBZ)和苯來特(苯菌靈)：是最有效的采后殺菌劑，可有效地控制蒂腐病和青、綠霉病，對炭疽病有一定效果，但對酸腐病和黑腐病無效。這兩種殺菌劑均微溶于水，常配成蠟-水混合液或水的懸濁液使用，處理時須不斷搖動懸濁液，以保證藥液均勻一致。使用濃度分別為：噻苯咪唑1000mg/L，苯來特600mg/L，采后浸果3-5分鐘。

　　②鄰苯基酚鈉(SOPP)：可控制蒂腐病和青、綠霉病，對酸腐病也有一定的效果，尤其用于橙類更為有效。使用pH值為11.5-12.0的2％鄰苯基酚鈉水溶液藥效最高，故常用的配方是：2％鄰苯基酚鈉+0.2％NaOH+1％六胺，也可用1％鄰苯基酚鈉蠟水溶液。

　　③仲丁胺：可控制青、綠霉病，對蒂腐病的效力較低，對酸腐病和炭疽病無效。仲丁胺為液體，沸點63℃，可作為庫房熏蒸劑(25-200mg／L，V／V，42h)，也可配成1％-2％水溶液作浸果處理。

　　④聯苯：可控制蒂腐病和青、綠霉病，對酸腐病無效。是一種蒸氣態殺菌劑。常用的方法是：將可滲性包果紙按2.35g：1張(27.9cm× 43.2cm)的比例用聯苯浸漬，制成聯苯包果紙。也可把聯苯溶于石蠟油(或礦物油)里制成聯苯-石蠟混合液，涂在紙片上制成聯苯襯墊。

　　在國內，目前生產上常用的防腐劑還有托布津(1000-2000mg／L)、多菌靈(800-1000mg／L)、抑霉唑(500mg/L)、碳酸氫鈉(2％)等。

　　生理病害

　　⑴褐斑病(干疤)：多在貯藏中期至后期發生。初期癥狀為淺褐色不規則斑點，以后顏色變深，病斑擴大，在低溫下發展成為以蒂部為中心的、不規則的環形病斑。病斑處油胞破裂。凹陷干縮，部位僅限于外果皮。多數認為這是一種低溫失調的生理病(Brooks&Mccolloch1936；李沛文， 1977)。在低溫低濕下貯藏，發病尤為嚴重。在貯藏上通過適當晚采、高濕、低O2和高CO2避免貯溫過低等措施，來控制和降低褐斑病發病率。

　　⑵水腫病：初期果皮變淡，局部果皮出現不規則、半透明的水漬狀斑，食之有煤油味。病情嚴重后整個果實為半透明水漬狀果，松軟，易剝皮，食之有濃厚的酒精味。若繼續貯藏，則被其它致病菌侵染而腐爛。大量試驗表明，貯溫過低和通風換氣不良使CO2積累過多，會導致水腫病的發生。只要兩個因子中的任何一個存在一定時間后就會導致水腫病發生，兩種因子同時存在時則發病更早、更嚴重。所以防治檸檬果實水腫病應注意防止貯溫過低或波動過大，同時加強管理，注意通風換氣。