蘑菇培養料的二次發酵是指培養料經過堆制，在最后一次翻堆后、當料溫升至50℃～60℃時趁熱運進發酵室，在10～12個小時內升溫至60℃～62℃并保持４～６個小時，然后通風降溫至48℃～52℃并保持４～５天。現介紹兩種常用的二次發酵方法及應注意的問題。

    室內加溫后發酵

    選擇密閉性較好的菇房關閉門窗，堵塞通風口。在第一次發酵第三次翻堆后，當料溫升至 50℃～60℃時將培養料趁熱運進菇房，集中堆放在中層。當料溫為45℃時，立即將室外旺盛燃燒的煤爐搬進菇房，用猛火升溫。為保證菇房內的濕度，可在煤爐上放一鍋水。升溫時間越短越好，應在10～12個小時內達到60℃～62℃并保持４個小時。然后，開窗通風，使溫度降至48℃～52℃并保持４天。

    室外覆膜后發酵

    選好發酵場地，砌好通風道或在堆制過程中用木棒留通氣孔。以通風道為中軸，將培養料翻至二次發酵場地，堆成1.5～２ｍ寬、0.8～１ｍ高的料堆，用竹竿在料堆上彎成弓形支架，兩端插入地下，支架與料堆距離約30ｃｍ，用薄膜覆蓋在上面，四周壓緊，即可進行二次發酵。

    不論采用哪一種方法進行二次發酵，都應注意以下幾點：①二次發酵是在一次發酵的基礎上進行的，首先要保證一次發酵的質量。②散堆后，培養料要盡快搬入房中，集中堆放，不要散開，以放在中層為宜。③要注意培養料的含水量。在二次發酵前要補足水分，用石灰水調整含水量至65％～70％、ph值為7.5～８。④二次發酵的溫度為55℃～60℃并保持４個小時，控溫階段保持48℃～53℃４天。⑤適時結束發酵，通風降溫，以保證培養料的發酵質量。二次發酵時間的長短，取決于一次發酵時間的長短及料熟程度，一次發酵時間長且料偏熟時，二次發酵的時間可縮短。⑥二次發酵結束后，培養料如散發出甜香味且無氨臭味、顏色為深棕紅色、表面長有白色放線菌時，即為發酵成功。