蘑菇發(fā)生畸形，多數(shù)是由于溫差或不利的環(huán)境誘發(fā)的；也可能與所使菌株有關(guān)。常見的畸形蘑菇主要有以下幾種：

1.菌柄中空。從外表看起來(lái)蘑菇正常，但切掉菇腳，發(fā)現(xiàn)菌柄有一部分中空，在一個(gè)硬芯周圍通常有一個(gè)環(huán)形空腔。而后，菌柄切面可能裂開再向后卷，使蘑菇外觀差，商品性下降。

原因：這主要是出菇期空氣濕度低，菇體水分蒸發(fā)快，土層過(guò)干，子實(shí)體得不到水分造成的。

2.菌柄開裂。菌柄豎直開裂有時(shí)伴有水平開裂，使菌柄裂片向上、下卷起。

原因：由于蘑菇先生長(zhǎng)在非常潮濕的覆土里，而后覆土干燥，后再迅速提高覆土濕度而誘發(fā)形成的開裂癥狀。

3.菌柄腫大。偶爾可見蘑菇菌柄腫大，可能在菌柄基部、中間或頂端。

4.硬褶病。開傘的病菇。從下向上看，顏色蒼白，菌褶很淺或不存在。如菌蓋破裂，則菌蓋通常顯得比平常厚。

5.丑形菇。子實(shí)體分化看起來(lái)模糊不清，經(jīng)常與秋季第一潮菇有關(guān)。不能正常發(fā)育而變成各式各樣的丑形菇，從瘤狀直至子實(shí)體形狀尚可分辨但菌蓋卻奇形怪狀。個(gè)別的子實(shí)體還可能連在一起。

6.水漬病。蘑菇發(fā)病癥狀為清晰可見的進(jìn)水區(qū)，特別在菌柄，如將蘑菇揉擠，就會(huì)出水；而且有時(shí)成熟子實(shí)體會(huì)自發(fā)地流出大量清澈或有色的液體而后爛掉。

7.隱干腐病.癥狀與干腐病相似，但能恢復(fù)生長(zhǎng)并產(chǎn)生正常子實(shí)體。是因長(zhǎng)期過(guò)多噴水所致。

8.菇蕾成叢。產(chǎn)生大量釘頭小菇，基本上都不能發(fā)育長(zhǎng)大。這是由于在環(huán)境過(guò)于有利形成菇蕾時(shí)發(fā)生的。

9.蘑菇成團(tuán)。蘑菇成團(tuán)指蘑菇成堆發(fā)生，這與在形成菇蕾時(shí)出現(xiàn)周期性低溫有關(guān)。

10.菌被。當(dāng)菌絲長(zhǎng)透覆土后；覆土表面著生一層厚厚的白色菌絲。菌被不透水，出菇受到阻礙。這是由于高濃度二氧化碳加上高濕度和高溫造成的。補(bǔ)救方法除了調(diào)整環(huán)境條件外，就是在剛剛發(fā)生菌被時(shí)立即進(jìn)行輕微搔菌并重新蓋上一層覆土。

11.菇蕾死亡。一般在稍后的菇潮中出現(xiàn)，覆土發(fā)菌良好，菇蕾卻死亡產(chǎn)生不出菇的小區(qū)。

原因：通常是由于覆土里存在不透水的菌絲層導(dǎo)致覆土表面泡水引起。與菌被病相反，起因是蘑菇早期噴水不足，使致密的菌絲定植在干燥的覆土里。

12.帶土菇。當(dāng)蘑菇在太深的覆土里出菇時(shí)，經(jīng)常包著覆土。

原因：出菇誤時(shí)或覆土表層干燥引起深層出菇。

13.菇體起鱗。菇體上表層鱗片翹起。

原因：對(duì)空氣干燥的自然反應(yīng)或菇床的五氯酚鈉煙氣引起。