蘑菇發生畸形，多數是由于溫差或不利的環境誘發的；也可能與所使菌株有關。常見的畸形蘑菇主要有以下幾種：

1.菌柄中空。從外表看起來蘑菇正常，但切掉菇腳，發現菌柄有一部分中空，在一個硬芯周圍通常有一個環形空腔。而后，菌柄切面可能裂開再向后卷，使蘑菇外觀差，商品性下降。

原因：這主要是出菇期空氣濕度低，菇體水分蒸發快，土層過干，子實體得不到水分造成的。

2.菌柄開裂。菌柄豎直開裂有時伴有水平開裂，使菌柄裂片向上、下卷起。

原因：由于蘑菇先生長在非常潮濕的覆土里，而后覆土干燥，后再迅速提高覆土濕度而誘發形成的開裂癥狀。

3.菌柄腫大。偶爾可見蘑菇菌柄腫大，可能在菌柄基部、中間或頂端。

4.硬褶病。開傘的病菇。從下向上看，顏色蒼白，菌褶很淺或不存在。如菌蓋破裂，則菌蓋通常顯得比平常厚。

5.丑形菇。子實體分化看起來模糊不清，經常與秋季第一潮菇有關。不能正常發育而變成各式各樣的丑形菇，從瘤狀直至子實體形狀尚可分辨但菌蓋卻奇形怪狀。個別的子實體還可能連在一起。

6.水漬病。蘑菇發病癥狀為清晰可見的進水區，特別在菌柄，如將蘑菇揉擠，就會出水；而且有時成熟子實體會自發地流出大量清澈或有色的液體而后爛掉。

7.隱干腐病.癥狀與干腐病相似，但能恢復生長并產生正常子實體。是因長期過多噴水所致。

8.菇蕾成叢。產生大量釘頭小菇，基本上都不能發育長大。這是由于在環境過于有利形成菇蕾時發生的。

9.蘑菇成團。蘑菇成團指蘑菇成堆發生，這與在形成菇蕾時出現周期性低溫有關。

10.菌被。當菌絲長透覆土后；覆土表面著生一層厚厚的白色菌絲。菌被不透水，出菇受到阻礙。這是由于高濃度二氧化碳加上高濕度和高溫造成的。補救方法除了調整環境條件外，就是在剛剛發生菌被時立即進行輕微搔菌并重新蓋上一層覆土。

11.菇蕾死亡。一般在稍后的菇潮中出現，覆土發菌良好，菇蕾卻死亡產生不出菇的小區。

原因：通常是由于覆土里存在不透水的菌絲層導致覆土表面泡水引起。與菌被病相反，起因是蘑菇早期噴水不足，使致密的菌絲定植在干燥的覆土里。

12.帶土菇。當蘑菇在太深的覆土里出菇時，經常包著覆土。

原因：出菇誤時或覆土表層干燥引起深層出菇。

13.菇體起鱗。菇體上表層鱗片翹起。

原因：對空氣干燥的自然反應或菇床的五氯酚鈉煙氣引起。