菌棒的轉色管理可分為兩種方式，脫袋轉色和袋內轉色，現在的生產大多是以取得花菇或優質厚菇為目的，故多采取袋內轉色方式。其基本管理如下：

1、打孔增氧：菌絲發滿后，基料內充盈菌絲體，其代謝量大為增加，通過打孔達到增加其內部氧氣、排除廢氣、提高代謝和散失部分水分的目的，為轉色管理的第一步。

2、促膜離壁：通過打孔、搬動等，促使塑膜與基料分離。對發菌時間短的早熟菌株，因自然離壁有困難，可在打孔時順便挑起塑膜，以利該處生出氣生菌絲。

3、碼垛通風：根據氣溫的高低，采取三角形或井字型碼垛，將菌棒碼高4-8層不等，既可充分利用空間，又不使菌棒過分擁擠，并且碼起的袋垛中間有"自然拔風"，有利于袋間和膜內的通氣。

4、調控溫度：根據季節的不同，適當人為調控垛內溫度，使之保持在15-25℃，低溫季節最低溫度也可調控在10℃左右。當垛內溫度達到25℃時，即應揭去覆蓋物，倒垛散熱，原則是"寧可低溫延長轉色時間，也不允許高溫燒菌"。

5、通風壓菌：在較合適的條件下，料表會很快長出一層細密的氣生菌絲，并開始分泌色素，出現淺醬油色的水珠，為轉色的重要信號。此時，可采取兩種措施。一是使用地下水直接噴淋，既為菌棒降溫，又可沖洗掉部分色素水珠，與此同時應加強通風，一般掌握噴水后2小時料表不粘手即可；二是倒垛，同時加強通風。

6、加大溫差：實踐證明，一定條件下，在盡量降溫的基礎上加大晝夜溫差，是促進轉色的主要措施之一。

7、干濕交替：該措施可通過噴啉冷水和加強通風等手段實現。噴淋冷水一方面給菌棒以較大的溫差刺激，促使其快速形成菌膜；另一方面可提高其濕度，通過加強通風等措施，即可達到干濕交替的目的。

8、光照刺激：適當的光照刺激是促進菌棒轉色的重要因素。一般情況下，可調控光照強度在1000勒克斯左右，即比較明亮的光線；并且通過倒垛或轉換光線來源，使菌棒受到均勻的光照，達到轉色一致、整齊均勻的目的。