穗頸瘟主要危害水稻的穗頸、穗軸、枝梗和谷粒，在穗頸、穗軸上產生褐色腐爛斑，可造成空秕粒增多，千粒重下降，對水稻產量和品質影響很大。因此，生產應注意加強防治。下面介紹這一病害的主要癥狀、發生特點和防治方法，供參考。
主要癥狀：穗頸瘟主要發生在水稻穗頸和枝梗基部，產生褐色小斑點，病斑經過擴展蔓延后環繞穗頸和枝梗，并分別向上下發展，病部呈褐色或墨綠色。在潮濕條件下，病斑上也能產生灰綠色霉層，穗頸瘟如發生早會形成秕谷和白穗，發病晚谷粒會不飽滿。 
    發病特點：稻瘟病在水稻苗期、移栽后的分蘗期和抽穗期侵染，形成苗瘟、葉瘟和穗頸瘟。其中穗頸瘟對水稻影響最大，危害主穗梗至第一枝梗分枝的穗頸部及穗軸、枝梗，使產量和品質下降。穗頸瘟的發生，除了與品種有一定關系外，主要決定因素還是抽穗揚花期的天氣情況，抽穗期（8月中下旬）陰雨連綿、氣溫低，易流行。為此，水稻抽穗揚花期后，陰雨連綿，日照不足或時晴時雨，或早晚有云霧或結露條件，特別是在菌源充足丘塊，病情擴展迅速。穗期以始穗時抗病性弱，偏施過施氮肥有利于發病，應謹防穗頸瘟的大發生。
    防治方法：對水稻穗頸瘟要采取綜合措施加防治。①要選用適合當地栽培的抗病稻瘟病品種；②要合理施肥，增施有機肥、磷鉀肥；③要注意合理灌溉，做到薄水插田，深水回青，淺水分蘗，夠苗曬田，孕穗、抽穗至黃熟期濕潤灌溉的排灌方式，避免深水漫灌；④要做好藥劑防治，首先要在始穗前20天撒施8%噻菌靈顆粒劑每畝2公斤拌細砂撒施，用于防治。其次是在破口期、齊穗期各用藥一次，每畝可用40%富士1號乳油75～100毫升，或30%稻瘟靈乳油120克，或20%三環唑可濕性粉劑100克加水50～75公斤噴霧。也可用70%甲基托布津可濕性粉劑700～800倍液每畝50～75公斤噴霧。另外防治穗頸瘟特效藥劑還有春日霉素，適樂時，滅稻瘟等。在施藥時，要注意藥劑的交替使用，并講究施藥質量，噴霧要均勻周到，防止漏噴。